Al momento attuale la terapia nella Sindrome di Barth è sintomatica e di supporto. Non esistono trattamenti specifici. Lo scompenso cardiaco viene trattato con farmaci specifici (digossina, diuretici, β-bloccanti) o in ultima analisi con trapianto cardiaco.

Studi di farmacogenetica sono in atto per verificare l’interazione dei farmaci con i recettori/enzimi in grado di metabolizzarli; tale processo avviene in modo geneticamente determinato e diverso per ogni singolo paziente. L’uso di antibiotici come profilassi e/o di fattore stimolante la colonia dei granulociti neutrofili (G-CSF). Le difficoltà nell’alimentazione può essere gestita mediante nutrizione enterale con sondino naso-gastrico o tramite gastrostomia percutanea (PEG).

La prognosi negli ultimi anni è migliorata grazie ad una diagnosi precoce ed a migliori follow-up e terapie. Essenziale è garantire un corretto apporto di carboidrati a lento rilascio soprattutto per le ore di digiuno notturno ed un bilanciato apporto nutrizionale in particolare di proteine.

La sopravvivenza al momento è di circa 40 anni ma auspicabile che si possa avere aspettative di vita superiori con buona qualità di vita.